H συνεισφορά στη διατήρηση και ανάδειξη της πολιτιστικής κληρονομίας της βιβλιοθήκης της Ε.Α.Γ.Μ.Ε. είναι καθοριστική καθώς διαθέτει μια σπάνια και πολύτιμη συλλογή έντυπου υλικού.
Από τα 12.000 βιβλία της βιβλιοθήκης, τα 277 αποτελούν τη συλλογή «Σπάνιες Εκδόσεις». Πρόκειται για αρχέτυπα βιβλία, φωτογραφίες, χειροποίητους χάρτες και γκραβούρες, που ξεχωρίζουν καθώς είναι από τα ελάχιστα, παγκοσμίως σωζόμενα, αντίτυπα στον τομέα των γεωεπιστημών.
Εξέχουσα θέση στη συλλογή των σπάνιων εκδόσεων έχει το βιβλίο με τίτλο: "Reise dureh alle Theile des Konigreiches Griechenland des Auftrag der Konigl. Griechischen Regierung. Erster Theil". Έργο του G. K. Fiedler που εκπονήθηκε για λογαριασμό της τότε Ελληνικής Κυβέρνησης επί βασιλείας Όθωνα. Είναι το παλαιότερο της συλλογής και χρονολογείται τον 19ο αιώνα και συγκεκριμένα το έτος 1840.
Το παλαιότερο βιβλίο της συλλογής "Σπάνιες Εκδόσεις" της Βιβλιοθήκης της Ε.Α.Γ.Μ.Ε. χρονολογείται από τον 19ο αιώνα και συγκεκριμένα aπό το έτος 1840. Εκπονήθηκε για λογαριασμό της τότε Ελληνικής Κυβέρνησης επί βασιλείας Όθωνα. Έχει τίτλο: "Reise dureh alle Theile des Konigreiches Griechenland des Auftrag der Konigl. Griechischen Regierung. Erster Theil - G. K. Fiedler, 1840"
Ακολουθούν 44 ακόμη εκδόσεις του 19ου αιώνα (από το 1840 και έπειτα), 134 είναι εκδόσεις του πρώτου μισού του 20ου αιώνα, 99 είναι σπάνιες, μοναδικές και εξαντλημένες εκδόσεις από το 1950 ως το 1993 ενώ 316 είναι επιστημονικές εκδόσεις της Ε.Α.Γ.Μ.Ε. (1951-1994).
Φυλάσσονται σε ειδικό χώρο της βιβλιοθήκης με ελεγχόμενες συνθήκες θερμοκρασίας και φωτισμού. Τα βιβλία της συλλογής αυτής είναι στην πλειοψηφία τους ψηφιοποιημένα και η ζήτηση τους από το κοινό εξακολουθεί να είναι σημαντική.
Η βιβλιογραφική αναζήτησή τους μπορεί να γίνει μέσω του ηλεκτρονικού καταλόγου της βιβλιοθήκης https://libraryigme.openabekt.gr/
