Η Νομική Υπηρεσία, υπάγεται απευθείας στο Γενικό Διευθυντή της Ε.Α.Γ.Μ.Ε και έχει αρμοδιότητα τη νομική εκπροσώπηση και τον χειρισμό των νομικών θεμάτων από την εν γένει δραστηριότητα της Αρχής και, συγκεκριμένα, την παροχή νομικών συμβουλών και γνωμοδοτήσεων, τον νομικό έλεγχο των προκηρύξεων και των συμβάσεων ανάθεσης έργων, προμηθειών και υπηρεσιών, την παράσταση της Αρχής ενώπιον των δικαστηρίων και των διοικητικών αρχών σε προδικαστικές και ενδικοφανείς διαδικασίες, καθώς και την ανάθεση υποθέσεων και νομικών έργων, που δεν μπορεί να διεκπεραιωθούν από το προσωπικό της, σε τρίτους συνεργαζόμενους δικηγόρους.
Στη Νομική Υπηρεσία λειτουργεί Τμήμα Δικαστικού, στο οποίο προΐσταται δικηγόρος που προσλαμβάνεται με απόφαση του Δ.Σ, για τη διαχείριση των δικαστικών υποθέσεων της Αρχής.